⚠️

Nástroje slouží především k ilustraci základních principů a konceptů. Mají své limity a nelze je vždy považovat za plnohodnotnou náhradu běžně používaných balíčků v R či Pythonu.

Bioinformatické nástroje

Srovnání

Základní srovnání (párová)

Srovnání dvou skupin parametrů (t-test, Mann-Whitney U test atd.).

Otevřít nástroj
Dimenzionalita

Redukce komplexity

Explorativní metody redukce dimenzionality (PCA, t-SNE, UMAP).

Otevřít nástroj
Vztahy

Korelace

Korelační analýza a vizualizace vzájemných vztahů proměnných.

Otevřít nástroj
Modelování

OPLS

Ortogonální projekce do latentních struktur pro omics data.

Otevřít nástroj
Interpretace

SHAP

Interpretace modelů strojového učení pomocí Shapleyho hodnot.

Otevřít nástroj
Ordination

NMDS analýza trendů

Nemetrické vícerozměrné škálování pro sledování časových a prostorových trendů.

Otevřít nástroj
Předzpracování

Normalizace

Metody transformace a standardizace dat před navazujícími analýzami.

Otevřít nástroj
Statistika

LMM

Liniové smíšené modely (Linear Mixed Models) pro hierarchická či opakovaná data.

Otevřít nástroj
Kategorická data

Fisherův exaktní test

Testování závislosti dvou kontingenčních proměnných pro malé vzorky.

Otevřít nástroj
Skriptování

miniPython

Lehká interaktivní konzole pro rychlé zpracování dat v Pythonu.

Otevřít nástroj
Platforma

MENDELU OmicsLab

Integrované prostředí pro pokročilou analýzu omických dat.

Otevřít nástroj
Vizualizace

Volcano plot

Interaktivní graf pro zobrazení diferenční exprese (Fold Change vs. p-hodnota).

Otevřít nástroj

Navigace



Zemedelska 1, 613 00, Brno


E-mail:

umbr [at] mendelu.cz

Head of Department:

doc. Mgr. Martin Černý, Ph.D.