Vítejte na stránkách ÚMBR - Ústavu molekulární biologie a radiobiologie!

Ústav molekulární biologie a radiobiologie se zaměřuje zejména na studium molekulární podstaty interakce mezi rostlinou a okolním prostředím. Zkoumáme interakce s abiotickými i biotickými faktory a využíváme široké škály „omických“ přístupů. Dlouhodobě v těchto oblastech dosahujeme národní i mezinárodní excelence, což lze dokumentovat jak z pohledu řešených projektů, tak především z pohledu vědeckých publikací. Aktuálně na pracovišti řešíme čtyři externí projekty, z nichž jeden je zaměřený na interakci rostliny s abiotickým stresem (GAČR) a tři projekty zkoumají interakci rostlin s biotickými faktory (Horizon, 2×Mobility MŠMT). Z původního čistě rostlinného zaměření se náš výzkum rozšířil i o studium mikroorganismů, které s rostlinami interagují.

Naše pracoviště má dva hlavní výzkumné směry:

Interakce signálních drah teploty, světla a rostlinných hormonů
prof. Brzobohatý, Dr. Novák
Molekulární podstata interakcí mezi rostlinou a mikroorganismy
doc. Černý

Všechny směry jsou úzce propojené a vycházejí z obdobných metodických základů, kterým dominují techniky založené na hmotnostní spektrometrii s následnou bioinformatickou analýzou. Hmotnostní spektrometrii používáme pro sledování hladiny proteinů, jejich modifikací a interakcí, profilování metabolomu, analýzu lipidů a cílené sledování sekundárních metabolitů. Mezi klíčovou infrastrukturu pracoviště tak patří dva hmotnostní spektrometry Orbitrap Fusion Lumos a Q Exactive GC Orbitrap, včetně nezbytného vybavení pro jejich provoz. Pracoviště má dále k dispozici excelentní vybavení pro kultivaci rostlin, měření fotosyntetických parametrů, pokročilé vybavení pro cílené monitorování genové exprese, vybavení pro klonování/genové manipulace a další vybavení pro molekulární biologii a biochemii (PCR, spektrofotometrie, centrifugy, lyofilizátor a odparky, elektroforézy, měřiče pH a konduktivity, sonikátory, homogenizátor, hlubokomrazící boxy).

Metabolomika: Thermo Q Exactive GC Orbitrap GC-MS/MS, Thermo, doplněno o vybavení pro analýzu volatilních látek

Vybavení pro LC-MS omické analýzy (proteomika, lipidomika, metabolomika): Orbitrap Fusion Lumos, Thermo Dionex Ultimate 3000 RSLC nano, Thermo; UHR maXis impact q-TOF mass spectrometer, Bruker TSQ Quantiva triple quadrupole mass spectrometer, Thermo amaZon speed ETD ion trap mass spectrometer, Bruker TriversaNanoMate, Advion Offgell fractionator, Agilent 1-DE&2-DE proteomics, Bio-Rad

Kultivační komory - doplněné diodovými zdroji monochromatického světla (R, FR, B - světlo) Skleníky - technologický pavilon M - díky projektu OP VaVpI CZ.1.05/4.1.00/04.0135 Výukové a výzkumné kapacity pro biotechnologické obory a rozšíření infrastruktury jsou pro kultivaci rovněž k dispozici skleníky s širokým rozmezím regulace světelných režimů Fluorescenční kamera FlourCam Handy FC 1000-H - měření fotosyntetických parametrů (fluorescence chlorofylu)